もし仕訳が、

• 借方:
  • 預金　1900
  • 銀行手数料　100
• 貸方:
  • 売掛金　2000

という具合であれば、顧客請求書の支払登録ボタンを使うのではなく、会計＞顧客＞顧客入金の画面を使用します。

支払済金額と消込額に差がある場合は、画面下方で差額認識され、差額の処理方法（オープンのまま残す／差額を消し込む）が選択できますので、「差額を消し込む」を選択し、相手方口座に銀行手数料の勘定を指定します。

ただし、この画面では差額につき相手方勘定が一つしか指定できませんので、支払手数料に消費税が含まれるケースまで対応できていません。その場合の対処方法はまた別途。