出荷（ピッキング）画面で、引当可能な在庫がなく明細が「移動待ち」もしくは「利用可能待ち」の状態であるとき、「強制引当」ボタンを押すと出荷処理ができますが、このとき在庫ロケーションで、マイナス数量のクオンツ（在庫明細）が生成されます。ですので、マイナス数量が発生する原因の9割方はこのオペレーションかと思います。

これを防ぐには、単純に出荷画面のビューを調整して、「強制引当」のボタンを非表示にしてしまうという対応が有効です。この目的のコミュニティモジュールも存在します： https://github.com/odoomrp/odoomrp-utils/tree/8.0/stock_disable_force_availability_button （この回答時点ではV8のみ対応）

ちなみに、マイナス在庫はシステムオペレーションを遅滞なく行っていれば発生しないはずのものではありますが、在庫移動から会計仕訳を生成せず、入荷処理のオペレーションが追いつかないままに緊急で出荷処理を行う必要があるような現場では、システム上マイナス在庫が認められていないと処理が滞ってしまい不都合であるかもしれません。Odooの標準仕様は、制限をゆるくしておいて、必要に応じて制限を加えるという考え方に則ったものが多いですので、「強制引当」もその典型例かと思います。