V9では（V10でもそうですが）、ご指摘の通り移動平均の設定の場合、Odooの仕入諸掛機能からの入力内容が在庫評価に反映されません。確かV11でこの点改善されるはずです。

標準機能では倉庫やロケーション別に評価方法を変えることはできません。おそらく、評価方法をフレキシブルに変更する機能を導入するより、移動平均であっても仕入諸掛が在庫評価に按分・反映させるモジュールを探してくるか、開発するというオプションが現実的かと思います。